Abstract:
The genus Mycobacterium has two main groups, Mycobacterium tuberculosis
complex (MTBC) and atypical mycobacteria. The MTBC species, the causative agents of
tuberculosis (TB), has been further typed into different genotypes. Genotyping
methods of M. tuberculosis help in identifying the most predominant circulating
genotypes and their transmission dynamics and this helps in planning for a better
tuberculosis drug resistance surveillance system. In Rwanda, little is known about the
most predominant M. tuberculosis genotypes and there is limited data on drug resistance
especially pyrazinamide drug resistance profile. Moreover, the distribution of atypical
mycobacteria and their underlying epidemiological factors are also unknown. Our main
goal is to characterize epidemiologically and genotypically M. tuberculosis, establish drug
resistance and determine the distribution of atypical mycobacteria countrywide. Smear
positives collected from suspected TB patients from Januray to July 2015
were submitted for primary culture on both solid and liquid culture media. All
positive cultures on Lowenstein Jensen and BACTEC MGIT 960 liquid culture system
were followed by phenotypic drug susceptibility testing (DST) to characterize resistance
for first line anti-tuberculosis drugs. Isolates were tested for susceptibility to first line
anti-TB drugs using Isoniazid, Rifampin, Streptomycin, and Ethambutol. Speciation of
atypical mycobacteria was done using GenoType MTB DRplus Assay CM and AS. The
present review presents preliminary results from primary culture, drug resistance and
atypical mycobacteria. Out of 994 positive culture, MTBC accounted for 99.6% while
atypical mycobacteria represented 0.4%. Of the 990 samples, 932 (94.1%) were new
patients and 58 (5.9%) were patients with previous history of treatment for tuberculosis.
MDR-TB was detected in 1.4% cases among new patients and 8.6% in previous treated
patients. Among the mono-resistance pattern, Ethambutol represented the majority of
all mono-resistance, averaging 17.4%. Non- Tuberclosis Mycobacteria (NTM) included
M. celatum (0.1%), M. lentiflavum (0.1%), M. peregrinum (0.1%) and M. intracellulare
(0.1%). In light of the present preliminary results, further investigations are needed to
confirm the pan-resistance of Ethambutol. Molecular characterization is needed to decipher
the most predominant M. tuberculosis genotypes, drug resistance and understand the
extent of atypical mycobacteria in Rwanda. This would aid in strengthening TB treatment
and control.
Le genre Mycobacterium a deux groupes principaux, le complexe Mycobacterium
tuberculosis (MTBC) et les mycobactéries atypiques. Les espèces MTBC; agents
responsables de la tuberculose (TB) pulmonaire ont été davantage classées dans différents
génotypes. Les méthodes de génotypage de Mycobacterium tuberculosis jouent un rôle clé
pour comprendre les génotypes les plus prédominants et leur dynamique de transmission.
Ceci permet de planifier et de mettre en place un meilleur système de surveillance de
la résistance aux anti-tuberculeux. Au Rwanda, on en connait peu sur les génotypes
de M. tuberculosis les plus prédominants et il y a peu de données sur la résistance aux
médicaments en particulier le profil de résistance à la pyrazinamide. En outre, la répartition
des mycobactéries atypiques et leurs facteurs épidémiologiques sous-jacents sont
également inconnus. Notre objectif principal est de caractériser l’espèce de M. tuberculosis
sur le plan épidémiologique et génotypique, établir la résistance aux médicaments antituberculeux
et déterminer la répartition des mycobactéries atypiques au niveau national.
Les frottis positifs obtenus chez des patients suspects de la tuberculose à partir du mois de
Janvier jusqu’au mois de Juillet 2015 ont été soumis à une culture primaire à la fois sur
des milieux solides et liquides. Toutes les cultures positives sur Lowenstein Jensen et le
système de culture en milieu liquide utilisant le BACTEC MGIT 960 étaient suivies par
des tests phénotypiques sur la sensibilité aux médicaments pour caractériser la résistance
aux médicaments antituberculeux de première ligne. La sensibilité aux anti-tuberculeux de
première ligne a été testée sur toutes les souches en utilisant l’isoniazide, la rifampicine, la
streptomycine et l’éthambutol. La spéciation des mycobactéries atypiques a été effectuée
à l’aide du test moléculaire ‘GenoType MTB DRplus Assay CM & AS’. Le présent article
présente les résultats préliminaires de la culture primaire, la résistance aux anti-tuberculeux
et la distribution des mycobactéries atypiques. Sur les 994 cultures positives, les MTBC
représentent 99,6%, tandis que les mycobactéries atypiques représentent 0,4%. Parmi les 990
échantillons, 932 (94,1%) provenaient de nouveaux-cas tandis que 58 (5,9%) provenaient
des patients ayant des cas de retraitement de la tuberculose. La tuberculose multi-résistante
(TB-MR) a été détectée dans 1,4% des cas chez les nouveaux patients et 8,6% chez les
patients traités précédemment. Parmi les modèles mono-résistants, éthambutol représente
la majorité de toutes les mono-résistances, avec une moyenne de 17,4%. Les mycobactéries
atypiques sont : M. celatum (0,1%), M. lentiflavum (0,1%), M. peregrinum (0,1%), et
M. intracellulare (0,1%). A la lumière des présents résultats préliminaires, d’autres études
sont nécessaires pour confirmer la pan-résistance de l’éthambutol. Les études utilisant la
technologie de Biologie moléculaire sont nécessaires pour déchiffrer les génotypes des
M. tuberculosis prédominants, la résistance aux médicaments et de comprendre l’ampleur
des mycobactéries atypiques au Rwanda. Cela aiderait dans le renforcement du traitement
de la tuberculose et de son contrôle.
Language:
Date of publication:
2016
Country:
Region Focus:
East Africa
University/affiliation:
Volume:
14
Number:
Part 2
Pagination:
827 - 834.
Collection:
RUFORUM Working document series
RUFORUM Conferences and Workshops
Agris Subject Categories:
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Licence conditions:
Open Access
Access restriction:
Form:
Web resource
Publisher:
ISSN:
1607-9345
E_ISSN:
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