Morphological and genetic diversity among blackberry accessions in Kenya

Abstract: 
Horticultural crops’ morphological and genetic diversity are important components for cultivar development and a pre-requisite for cultivar improvement. This study is being conducted to determine the morphological and genetic diversity among blackberry (Rubus L sub-genus Rubus Watson) accessions in Kenya and their relationship with introductions using SSR markers with the aim of improving the crop for local use. Thirteen Simple Sequence Repeat (SSR) markers will be used to assess the genetic diversity among twenty blackberry accessions which will be collected from the Genetic Resources Research Institute (GeRRI) – Muguga and the field. Field collections will be made in Kericho, Nanyuki, Bomet, Baringo, Molo, Mau-Narok, Naivasha and Limuru. The study will be conducted at Egerton University Agricultural Experimentation Station Field 7, Njoro and KALRO Molo in a Randomized Complete Block Design replicated three times. Morphological traits will be phenotypically characterized using RosBREEDII Blackberry Standardized Phenotyping protocol and, thereafter, subjected to multivariate analysis to determine eigenvalues. All data collected will be subjected to Analysis of Variance (ANOVA), principal component analysis (PCA) and cluster analysis. Their means will be compared by Tukeys test at a=0.05. Genetic characterization will be based on Simple Sequence Repeat (SSR) markers analysis and genetic distances amongst all accessions will be based on Jaccard’s variability index. Results of this study are expected to provide useful information on the diversity of blackberry germplasm available and the possibilities of improving this fruit in Kenya.
La diversité morphologique et génétique des cultures maraîchères sont des éléments importants pour le développement des cultivars et leur amélioration. Cette étude a été conduite pour évaluer la diversité morphologique et génétique entre les accessions de mûres (Rubus L sous-genre Rubus Watson) au Kénya et leur relation avec les introductions utilisant des marqueurs SSR avec pour but l’amélioration de la culture pour une utilisation locale. Treize marqueurs de séquence simple à répétition (SSR) seront utilisés pour évaluer la diversité génétique de vingt accessions de mûres qui seront obtenues à l’Institut de recherche sur les ressources génétiques (GeRRI) - Muguga et sur le terrain. Les collections de terrain seront réalisées à Kericho, Nanyuki, Bomet, Baringo, Molo, Mau-Narok, Naivasha et Limuru. L’étude sera menée à la station d’expérimentation agricole de l’Université Egerton à la station 7, à Njoro et à KALRO Molo, suivant un dispositif de bloc aléatoire complet avec trois répétitions. Les caractères morphologiques seront phénotypiquement caractérisés à l’aide du protocole standard de phénotypage de RosBREEDII et, par la suite, soumis à une analyse multivariée pour déterminer les valeurs propres. Toutes les données collectées seront soumises à l’analyse de variance (ANOVA), à l’analyse en composantes principales (ACP) et à l’analyse typologique. Leurs moyennes seront comparées en utilisant le test de Tukeys à p = 0,05. La caractérisation génétique sera basée sur l’analyse des marqueurs de séquence simple à répétition (SSR) et les distances génétiques entre toutes les accessions seront calculées sur la base de l’indice de variabilité de Jaccard. Les résultats de cette étude devraient fournir des informations utiles sur la diversité du germoplasme de mûres disponible et les possibilités d’amélioration de ce fruit au Kénya.
Language: 
Date of publication: 
2016
Country: 
Region Focus: 
East Africa
Author/Editor(s): 
University/affiliation: 
Volume: 
14
Number: 
3
Pagination: 
99-105
Collection: 
RUFORUM Working document series
Licence conditions: 
Open Access
Access restriction: 
Form: 
Web resource
Publisher: 
ISSN: 
1607-9345
E_ISSN: 
Edition: