Abstract:
Cowpea (Vigna unguiculata L. Walp) is an important legume particularly in the eastern
and northern regions of Uganda. Its production is greatly affected by the occurrence of
several diseases caused mainly by viral pathogens. Previous studies employed in the detection
of cowpea viruses in the country relied largely on specific methods thus offering a partial
description of the disease etiology. In this study, virus symptomatic leaf samples were assayed
for the presence of viruses using a high throughput sequencing method. Leaf samples were
collected from four agro-ecological zones (AEZs) in Uganda and used for total RNA
extraction. From the total RNA, cDNA was synthesized and then sequenced using the
Illumina Miseq platform. BLASTN analysis revealed the presence of contig sequences
with >80% identity to Cowpea aphid borne mosaic virus (CABMV), Peanut mottle virus
(PMV), Crotalaria mosaic virus, South African passiflora and Sesame mosaic virus.
Analysis also revealed sequences that showed high similarity to Maize dwarf mosaic virus
(MDMV), Sugarcane mosaic virus (SCMV) and Maize chlorotic mottle virus (MCMV).
This is the first report of cowpea serving as a legume host for MCMV, SCMV and MDMV
and given the increasing legume-cereal intensification in the country, this presents a risk of
virus spread to maize.
La dolique (Vigna unguiculata L. Walp) est une légumineuse importante en particulier
dans les régions de l’est et du nord de l’Ouganda. Sa production est grandement affectée
par l’apparition de plusieurs maladies causées principalement par des agents pathogènes
viraux. Des études antérieures utilisées dans la détection des virus qui attaquent la dolique dans le pays comptaient largement sur des méthodes spécifiques offrant ainsi une description
partielle de l’étiologie de la maladie. Dans cette étude, le virus des échantillons de feuilles
symptomatiques ont été analysés pour déterminer la présence de virus à l’aide d’un procédé
de séquençage à haut débit. Des échantillons de feuilles ont été prélevés dans quatre zones
agro-écologiques (ZAE) en Ouganda et utilisés pour l’extraction de l’ARN total. De l’ARN
total, l’ADNc a été synthétisé et séquencé en utilisant la plate-forme Illumina Miseq. L’analyse
BLASTN a révélé la présence de séquences contig avec > 80% d’identité à au virus de la
mosaïque causé par le puceron attaquant la Dolique (VMPD), le virus de la marbrure
de l’arachide (VMA), le virus de la mosaïque du Crotalaria (VMC), passiflore sudafricain
et le virus de la mosaïque du sésame. L’analyse a également révélé des séquences
qui ont montré une similarité élevée au virus de la mosaïque du maïs nain (VMMN), le
virus de la mosaïque de la canne à sucre (VMCS) et le virus de la marbrure chlorotique
du maïs (VMCM). Cette étude est la première à indiquer la dolique servant en tant qu’une
légumineuse hôte pour VMCM, VMCS et VMMN et compte tenu l’intensification croissante
de la culture mixte légumineuses-céréales dans le pays, ceci présente un risque de propagation
du virus au maïs.
Language:
English
Date of publication:
2016
Country:
Region Focus:
East Africa
University/affiliation:
Journal:
Volume:
14
Number:
Part 1
Pagination:
653-660
Collection:
RUFORUM Working document series
RUFORUM Conferences and Workshops
Agris Subject Categories:
Agrovoc terms:
Additional keywords:
Licence conditions:
Open Access
Access restriction:
Form:
Web resource
Publisher:
ISSN:
1607-9345
E_ISSN:
Edition:
